अन्न व नागरी पुरवठा खात्याची जबाबदारी त्यांच्याकडे होती. मराठा आरक्षण आंदोलनकर्ते मनोज जरांगे आणि त्यांच्यात संघर्ष सुरु झाल्यानंतर पक्ष अडचणीत आल्याची स्थिती निर्माण झाली.
महायुती सरकारच्या मंत्रिमंडळात राष्ट्रवादीचे (अजित पवार) आणि महाराष्ट्रातील ओबीसींचे ज्येष्ठ नेते छगन भुजबळ यांना वगळल्याने समर्थकांना धक्का बसला. मराठा आरक्षणावरून घेतलेली आक्रमक भूमिका, पक्षाची झालेली अडचण, मुलास विधान परिषदेत पाठवले असताना पुतणे समीर भुजबळ यांची नांदगावमध्ये बंडखोरी, चौकशीत अडकलेली प्रकरणे आदींचा संबंध भुजबळांना मंत्रिपदापासून दूर ठेवल्याशी जोडला जात आहे.
मंत्रिमंडळात उपमुख्यमंत्री अजित पवार यांनी ओबीसी नेते छगन भुजबळांचा समावेश न करता मराठा समाजातील सिन्नरचे आमदार ॲड. माणिक कोकाटे यांना संधी दिली. यातून योग्य तो संदेश दिल्याचे मानले जाते. यासंदर्भात भुजबळांशी संपर्क साधला असता त्यांनी मंत्रिमंडळात स्थान न मिळण्याबाबत काहीही माहिती नसल्याचे सांगितले. प्रदेशाध्यक्ष सुनील तटकरे यांनी यावर नंतर भाष्य करू, असे नमूद केले. शरद पवार यांची साथ सोडून भुजबळ हे महायुती सरकारमध्ये सामील झाले होते.
अन्न व नागरी पुरवठा खात्याची जबाबदारी त्यांच्याकडे होती. मराठा आरक्षण आंदोलनकर्ते मनोज जरांगे आणि त्यांच्यात संघर्ष सुरु झाल्यानंतर पक्ष अडचणीत आल्याची स्थिती निर्माण झाली. त्याचा लोकसभा निवडणुकीवर प्रभाव पडला. या परिस्थितीत पक्षाने भुजबळ यांचे पुत्र पंकज यांना विधान परिषदेत संधी दिली. तरीेदेखील त्यांचे पुतणे समीर भुजबळ यांनी नांदगावमधून बंडखोरी केली. त्यांना भुजबळांनी प्रत्यक्ष-अप्रत्यक्षपणे रसद पुरविल्याचा शिंदे गटाचा आक्षेप होता. महाराष्ट्र सदन घोटाळ्यात भुजबळांना मिळालेले निर्दोषत्व चुकीचे असल्याचा आरोप शिंदे गटाचे सुहास कांदे यांनी केला होता. या घडामोडींचा संबंध भुजबळांचे नाव वगळण्याशी लावला जात आहे.